Mientras trabajan en una avería subterránea, los fontaneros de Brooklyn, Mario y su hermano Luigi, viajan por una misteriosa tubería hasta un nuevo mundo mágico. Pero, cuando los hermanos se separan, Mario deberá emprender una épica misión para encontrar a Luigi. Con la ayuda del champiñón local Toad y unas cuantas nociones de combate de la guerrera líder del Reino Champiñón, la princesa Peach, Mario descubre todo el poder que alberga en su interior.